核酸・タンパク質のホモロジー検索のサーバ

BLAST（ゲノムネット）
FASTA（ゲノムネット）
BLAST/FASTA（国立がんセンター）
BLAST（NCBI）
MPSearch（国立がんセンター）
Baylor Search Launcher

アミノ酸配列のモチーフ検索サーバ

PROSITE/MotifDicに対する検索（ゲノムネット）
PROSITEに対する検索（EMBL/EBI）
BLOCKSに対する検索（Fred Hutchinson Cancer Research Center）
TRANSFACに対する検索（ゲノムネット）

タンパク質のドメイン構造のデータベースに対する検索サーバ

SBASEに対する検索（International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology）
ProDomに対する検索（Institut National de la Recherche Agronomique）

マルチプルアラインメントの検索サーバ

ClustalWの入手
treealign/malignによる検索（日本DNAデータバンク）
ClustalWによる検索（BCM）

遺伝子・タンパク質の同定のサーバ

GeneFinder（線形判別分析 動的計画法）
GeneMark（マルコフモデル）
GeneParser（ニューラルネットワーク 動的計画法）
GenViewer（線形結合）
Genie（一般化隠れマルコフモデル）
GeneHacker（隠れマルコフモデル）
GeneLang（確定節文法）
GRAIL（ニューラルネットワーク 動的計画法）
OCI（決定木）
Sorfind（ルールベース）
PROCRUSTES（スプライスアラインメント）
MZEF（２次判別分析）
PROSEARCH (EMBL/EBI)
AACompldent (ExPASy)
GuessPror (ExPASy)
MassSearch (EMBL/EBI)
ProFound (Rockfeller University)
MS-Fit (UCSF)

配列データベースの検索サーバ

DBGET
Web Entrez
SRS
Sequence Retrieval System （農業生物資源研究所）
WAISを利用したサービス